中国科学院南海海洋研究所成立于1959年1月，是国立综合性海洋研究机构。现有正高级人员111人，研究生导师212人。拥有中国工程院院士4人，973计划或国家重点研发任务项目首席科学家11人，国家杰出青年科学基金获得者12人，中科院特聘研究员16人，国家基金重大项目1个、创新群体1个，中科院A类先导专项1个、王宽诚率先人才计划“卢嘉锡国际团队”3个、科技创新“交叉与合作团队”1个。拥有海洋科学、环境科学与工程一级学科博士学位授予点和博士后科研流动站。 

　　研究所以海-陆-气相互作用与环境安全、生态安全与绿色发展、边缘海与大洋板块相互作用和海洋环境保障为战略主题，着力突破海洋领域前沿科学问题和关键核心技术，建成国际水平的热带海洋科学研究、人才培养、成果转移转化三个高地，为保障我国海洋权益做出贡献。主要研究热带海洋环境动力与生态过程、边缘海-大洋地质与环境演化过程及其资源效应、热带海洋生物资源可持续利用与生态安全及生态?；ず秃Ｑ蠡肪彻鄄馓逑导捌涔丶际?。  　　 

　　拥有热带海洋环境国家重点实验室、中科院边缘海与大洋地质重点实验室、中科院热带海洋生物资源与生态重点实验室、中科院应用海洋学实验室、中科院海洋微生物研究中心、中科院岛礁综合研究中心、中国科学院中国-斯里兰卡联合科教中心，广东省海洋药物重点实验室、广东省应用海洋生物学重点实验室、广东省海洋遥感重点实验室、海南省热带海洋生物技术重点实验室，以及海洋环境工程中心等。 拥有广东大亚湾海洋生态系统国家野外科学观测研究站、海南三亚海洋生态系统国家野外科学观测研究站，西沙海洋环境观测研究站（2020年12月入选国家野外科学观测研究站择优建设名单）、湛江海洋经济动物实验站、汕头海洋植物实验站和南沙海洋生态环境实验站。有“实验1”“实验2”“实验3”和“实验6”4艘大型海洋科学考察船和一个淡水码头。目前，南海海洋所牵头，联合能源所等27家单位建设的中科院南海生态环境工程创新研究院以优异成绩通过验收；联合自然资源部广州海洋地质调查局等50家单位建设南方海洋科学与工程广东省实验室（广州）。

　　近60年来，南海海洋所共取得科研成果近800项，获国家、中科院、部委和省市级成果奖260项，相关科技创新团队荣获中共中央授予的“模范集体”称号（2018年）；代表性成果有“热带海洋微生物新型生物酶高效转化软体动物功能肽的关键技术”、“热带海洋生物活性物质的利用技术”、“南海与邻近热带区域的海洋联系及动力机制”和“南沙群岛及其邻近海区资源环境和权益综合调查研究”等。目前主持、承担中国科学院先导专项A、国家重点研发计划项目、国家科技基础资源调查专项、国家基金项目等300余项。与40多个国家和地区建立了学术联系与合作，重点发展与欧、美、日、澳等海洋科学发达国家的合作与交流，同时加强与“一带一路”、丝绸之路沿线国家的交流与合作，并在斯里兰卡与斯方共建中国科学院中国斯里兰卡联合科教中心?！　?/span> 

　　南海海洋所是中科院及全国海洋科研机构首家获得ISO9001质量体系认证的科研单位，拥有“工程勘察证书（海洋工程勘察综合类甲级）”、“测绘资质证书（乙级）”、“检验检测机构资质认定证书（包括检验检测机构计量认证）”等。每年承担技术服务、技术咨询或院地合作项目100余项。是中国海洋学会海洋物理分会、广东海洋湖沼学会、广东海洋学会等的依托单位。编辑出版《热带海洋学报》（核心期刊）。被中央文明委授予第六届“全国文明单位”荣誉称号，曾获广东省“文明单位”和广州市“文明单位”。